Software Engineer – Bioinformatics Pipelines

Автоматический пересказ вакансии на русском. Полный текст на языке оригинала и форма отклика — на сайте работодателя.

Инженер-программист для поддержки и развития биоинформатических пайплайнов в геномном подразделении заказчика из сферы здравоохранения. Контрактная роль на 12–18 месяцев с фокусом на качество ПО, производительность, автоматизацию и операционную поддержку пайплайнов в on-premise HPC.

Задачи

• Поддерживать и повышать качество ПО геномных пайплайнов в on-premise HPC-среде заказчика
• Оптимизировать производительность пайплайнов в HPC-среде
• Автоматизировать работу пайплайнов и повторяющиеся инженерные задачи
• Обеспечивать операционную поддержку пайплайнов, включая устранение сбоев и проблем с передачей и доставкой геномных данных
• Реализовывать и поддерживать интеграции пайплайнов с лабораторными системами и секвенаторами, включая платформы Illumina, Oxford Nanopore и PacBio
• Реализовывать и поддерживать техническую инфраструктуру для перемещения, анализа и доставки геномных данных совместно с биоинформатической командой заказчика
• Поддерживать дополнительную нагрузку на пайплайны в связи с переходом LIS с Soft на Epic Beaker
• Быть полноценным участником agile-команды пайплайнов на протяжении всего контракта

Требования

• Профессиональный опыт разработки ПО с подтверждённым опытом инженерии биоинформатических пайплайнов
• Production-опыт работы с Python, Bash и Nextflow
• Сильные основы software engineering применительно к биоинформатическим пайплайнам: качество ПО, оптимизация производительности, автоматизация, операционная поддержка
• Владение Python и Bash
• Опыт работы с Nextflow для управления workflow
• Опыт разработки, настройки и эксплуатации пайплайнов в on-premise HPC-среде
• Опыт интеграции ПО с лабораторными системами и секвенаторами
• Опыт работы в agile-команде
• Способность быстро влиться в существующую команду и начать вносить вклад с минимальным онбордингом

Условия

• Старт: 2 ноября 2026
• Длительность: 12–18 месяцев
• Локация: только США, полностью удалённо
• Контрактная занятость

Навыки

• Python
• Bash
• Nextflow
• HPC
• Illumina
• Oxford Nanopore
• PacBio
• Epic Beaker
• LIS