Bioinformatician III

Автоматический пересказ вакансии на русском. Полный текст на языке оригинала и форма отклика — на сайте работодателя.

Биоинформатик III для поддержки проектов CDC/CORVD: геномно-эпидемиологические исследования, разработка биоинформатических пайплайнов и анализ данных секвенирования нового поколения для задач общественного здравоохранения.

Задачи

• Разрабатывать стандартные операционные процедуры и документацию по качеству для пайплайнов анализа последовательностей
• Оказывать техническую помощь при интеграции биоинформатических воркфлоу с существующими платформами программ CORVD
• Проводить контроль качества и анализ данных секвенирования нового поколения, полученных локально и из внешних лабораторий
• Участвовать в геномно-эпидемиологических исследованиях эволюции вирусов
• Анализировать данные секвенирования нового поколения из глобального надзора за вирусами
• Обеспечивать управление данными и аналитическую поддержку глобальных платформ надзора
• Строить пайплайны и воркфлоу для анализа последовательностей, разрабатывать кастомные алгоритмы и инструменты
• Проводить геномно-эпидемиологические исследования для выявления и оценки риска новых вариантов для текущих вакцин
• Анализировать данные секвенирования с использованием пространственно-временных, филодинамических и эпидемиологических подходов
• Применять математические и вычислительные методы для понимания эволюционных и эпидемиологических закономерностей вирусов
• Обеспечивать корректное применение методов геномного анализа, процедур, техник и контроля качества
• Готовить отчёты, саммари, презентации, статьи и другие документы с результатами и данными надзора
• Участвовать в подготовке абстрактов, презентаций и рецензируемых публикаций
• При необходимости руководить командой биоинформатики и осуществлять надзор

Требования

• MS и 10+ лет опыта или PhD и 7–10+ лет опыта
• Владение как минимум одним распространённым скриптовым или языком программирования общего назначения (например, Python, Perl, Rust)
• Рабочее знание SQL
• Знакомство с аналитическими языками и инструментами, такими как R или Pandas
• Знакомство с инструментами построения пайплайнов, такими как Nextflow или Snakemake
• Понимание основ выравнивания и сравнения последовательностей нуклеиновых кислот
• Знания и опыт филогенетического анализа
• Знания и опыт работы с клиническими данными
• Опыт работы с сотрудниками CDC на разных организационных уровнях
• Навыки межличностной коммуникации: телефон, email, деловой этикет
• Сильные навыки вычитки и внимание к деталям
• Сильные организационные навыки
• Опыт работы в научной сфере, включая роль врача, эпидемиолога, рецензента или смежную (желательно в сфере общественного здравоохранения)
• Отличные навыки устной и письменной коммуникации на английском языке
• Гражданство США, статус постоянного резидента или разрешение на работу в США

Условия

• Место работы: Atlanta, GA, USA
• Предполагаемая дата начала: через 2 недели после определения кандидата
• Командировки: по мере необходимости для выполнения обязанностей
• Работа с клиентами CDC/CORVD

Навыки

• Python
• Perl
• Rust
• SQL
• R
• Pandas
• Nextflow
• Snakemake
• филогенетический анализ
• NGS
• биоинформатика