Bioinformatics Engineer

Автоматический пересказ вакансии на русском. Полный текст на языке оригинала и форма отклика — на сайте работодателя.

Биоинформатик в Pilgrim — разработка методов и ПО для анализа данных секвенирования с автономной системы ARGUS. Построение метагеномных пайплайнов, работающих на edge-оборудовании, и валидация точности детекции.

Задачи

• Разрабатывать и оценивать методы агностической детекции и идентификации организмов в метагеномных данных, включая смешанные образцы и сигналы низкой представленности
• Строить пайплайны секвенирования: basecalling, контроль качества ридов, классификация, отчётность по доказательствам детекции и неопределённости
• Профилировать и оптимизировать пайплайны под бортовое оборудование ARGUS, снижая задержку и потребление памяти
• Бенчмаркать качество детекции на независимых датасетах, измеряя false positives, false negatives и время до детекции
• Версионировать референсные базы данных и поддерживать регрессионные тесты для отслеживания изменений производительности после обновлений ПО или баз
• Разбирать неоднозначные результаты вместе с учёными: контаминация, артефакты пробоподготовки, пробелы и ошибки в референсных данных
• Оценивать алгоритмы и методы машинного обучения против существующих подходов и внедрять те, что улучшают детекцию или вычислительную производительность

Требования

• Прочная база в биоинформатике, вычислительной биологии или научных вычислениях; MS или PhD — плюс, но не обязательны
• Практический опыт анализа данных секвенирования: оценка качества ридов, выравнивание или таксономическая классификация
• Владение Python, C++, Rust или аналогичным языком для разработки биоинформатического ПО
• Умение использовать AI-инструменты для написания кода и самостоятельно ревьюить, тестировать и отлаживать полученный код
• Опыт бенчмаркинга методов анализа на независимых тестовых данных с измерением precision, recall или false positive rate
• Подтверждённые улучшения runtime, потребления памяти или пропускной способности на больших датасетах через профилирование и оптимизацию

Условия

• Компания привлекла более $30 млн инвестиций; среди инвесторов Peter Thiel, Brian Armstrong, Fred Ehrsam, Dylan Field, Bryan Johnson, Buckley Ventures, Conviction, Cantos и другие
• Работа в Redwood City, команда объединяет механическую и электрическую инженерию, химию и биологию
• Pilgrim — equal opportunity employer
• Часть позиций требует доступа к информации, контролируемой экспортным законодательством, и ограничена U.S. Persons

Навыки

• Python
• C++
• Rust
• bioinformatics
• metagenomics
• sequencing
• basecalling
• taxonomic classification
• machine learning
• profiling
• optimization